Auswertung (Stand Juli 2011)
Seit Sommer 2011 gibt es wieder automatisierte Convertskripts.Aufbauend auf diese Namens & Pfad Konventionen soll alle nachfolgenden Skripten kompatible sein.
Extract & Copy data from Scanner to myExperiment_DIR
(eg.: /data/neurokog/myExperiment)cdk_extract.py /path_to/ScannerData/myFirstSubject_*
this creates DIR:
- myExperiment/raw_data
- myExperiment/analyze_fin
- Todo (scripts_DIR & copy Template_Files & vp_mapping.txt )
convert Siemens Dicom Mosaik-Files to NIfTI
cdk_convert.py raw_data/COUNTER2_myFirstSubject_20110825_152840
- expect data in DIR: "./raw_data/"
- uses ./vp_mapping.txt CR2_myFirstSubject_uglyName_daf --> myFirstSubject
- vp_mapping.txt is tab delimited
- create it with " ls -1 raw_data/ >> vp_mapping.txt "
- or " cd raw_data " and " ls -x1d */ >> ../vp_mapping.txt "
[+]
Matlab-Auswerte Scripten
in /data/neurokog/scripts/mainFunctions/ liegen viele allgemeine Functions/Scripts --> NICHT ÄNDERN !!!Werden hauptsächlich durch kleine Steuer-Skripten angesprochen
General
run in DIR: ./analyze_fin/ the SkriptrunMe__I_will_create_the_fMRI-Matlab-Skripts_for_you.py
--> This will generate the first running Skript-combination (mainSkripts & corresponding infoFiles);
- info_myImportantFirstStudy.m liegt in myExperiment/analyze_fin/
- enthält Studienübergreifende Info (Subnames, TR, RegExpr der globale Directories; usw.)
- kleine Steuer-Skripten.m (e.g. prepro__counter2_Sept2.m )
- Diese Skripten werden vom USER aufgerufen und steuert WAS gemacht werden soll ( e.g. info.makesegment = 1 .... usw. )
Seriel vs. Parallel
alle neuen Skripten können alle Subjects auch parallel ausführen[+]