auswertung

Auswertung (Stand Juli 2011)

Seit Sommer 2011 gibt es wieder automatisierte Convertskripts.
Aufbauend auf diese Namens & Pfad Konventionen soll alle nachfolgenden Skripten kompatible sein.

Extract & Copy data from Scanner to myExperiment_DIR

(eg.: /data/neurokog/myExperiment)

cdk_extract.py /path_to/ScannerData/myFirstSubject_*

this creates DIR:

myExperiment/raw_data
myExperiment/analyze_fin
Todo (scripts_DIR & copy Template_Files & vp_mapping.txt )

convert Siemens Dicom Mosaik-Files to NIfTI

cdk_convert.py raw_data/COUNTER2_myFirstSubject_20110825_152840

expect data in DIR: "./raw_data/"
uses ./vp_mapping.txt CR2_myFirstSubject_uglyName_daf --> myFirstSubject
- vp_mapping.txt is tab delimited
- create it with " ls -1 raw_data/ >> vp_mapping.txt "
- or " cd raw_data " and " ls -x1d */ >> ../vp_mapping.txt "

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Matlab-Auswerte Scripten

in /data/neurokog/scripts/mainFunctions/ liegen viele allgemeine Functions/Scripts --> NICHT ÄNDERN !!!
Werden hauptsächlich durch kleine Steuer-Skripten angesprochen

General

run in DIR: ./analyze_fin/ the Skript

runMe__I_will_create_the_fMRI-Matlab-Skripts_for_you.py

--> This will generate the first running Skript-combination (mainSkripts & corresponding infoFiles);

info_myImportantFirstStudy.m liegt in myExperiment/analyze_fin/
- enthält Studienübergreifende Info (Subnames, TR, RegExpr der globale Directories; usw.)
kleine Steuer-Skripten.m (e.g. prepro__counter2_Sept2.m )
- Diese Skripten werden vom USER aufgerufen und steuert WAS gemacht werden soll ( e.g. info.makesegment = 1 .... usw. )

Seriel vs. Parallel

alle neuen Skripten können alle Subjects auch parallel ausführen

[+]

Preprocessing

ToDo

Page last modified on Tuesday 26 of March, 2013 16:34:28 CET