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spm8batch

1stlvl_batch

In ../mainFunctions/spm8batch gibt es jetzt ein (fast) fast bugfreies 1stlvl batch. Beide scripts liegen in '/1stlvl_batch/scripts/1_1stlvl_design', der face-beispieldatensatz liegt im 'analyze_fin'.
  1. RUN_debugged: beinhaltet subject-spezifische daten; ruft das template für jede vp auf; die ausgeführten jobs werden im angegebenen verzeichnis gespeichert
  2. TPL_debugged: template für ein 2x2 full factorial design; benötigt den source und destination folder jeder vp; source folder muss 'rp_4D_S1.*.txt' und 'swar_4D_S1.*.nii' enthalten; destination folder muss das multiple conditions file enthalten 'COND_S1.*.mat'
Vorausgesetzt, die Pfade in RUN_debugged.m werden angeglichen, die prepro files, realignment parameter files und condition files liegen an ihrem platz sollte das batch durchlaufen, wenn man RUN_debugged.m lädt und ausführt.

sbg_RUN_template_PRECO

In ../mainFunctions/spm8batch gibt es ein funktionsfähiges (zumindest mit dem Beispieldatensatz) spm8-Preprocessing batch.
  1. sbg_template_PRECO.mat: Ein matlabbatch-job Template, in dem keine VP-spezififschen Daten eingetragen werden
  2. sbg_RUN_template_PRECO.m: Ein matlab-script, das die nötigen Informationen einsammelt, an das spm_jobmanager interface übergibt und das template ausführt

Das spm_jobmanager('serial') interface ist noch recht sperrig - es sucht sich einfach die leeren Inputfelder im Template ('<-X') und fügt nacheinander die übergebenen Variablen dort ein. Zum Ausprobieren mit dem Datensatz das script aufrufen und durchklicken. Der zusammengebaute String 'ev' kann dann mit eval(ev) ausgeführt werden.

Beschreibung

In '/data/neurokog/scripts/mainFunctions/spm8batch/alpha_13_02_2009' liegt eine Sammlung von Funktionen, die zur Manipulation eines spm8 jobs dienen. pp_subj_4D_FS.mat ist ein prepro job für eine vp, im wesentlichen konvertiert vom script 'prepro_220109.m'. Er verwendet als Stütze noch die 'Fileselector'-jobs, was letztendlich kaum mehr ist als eine in einen Job verpackte Regexpression. Der Output des Fileselector Jobs wird per Dependency weitergereicht an den entspr. spm-job.

USAGE: über 'help sbg_FS_sub2jobs' gibts den Kommentar; 'sbg_FS_sub2jobs' ohne parameter gibt eine inputstructure zurück, die als referenz für die funktion selbst verwendet werden kann.

Funktionen

  1. sbg_FS_sub2jobs: nimmt ein subname-array wie aus den scripts bekannt und einen referenz-job (pp_subj_4D_FS.mat) und reproduziert diesen für jede Versuchsperson. gibt eine matrix der pfade zu den reproduzierten jobs zurück
  2. sbg_load.m, sbg_FS_struct.m, sbg_get_tags.m, sbg_save.m: Hilfsfunktionen, können auch eigenständig verwendet werden. Meist noch deutlich mehr Kommentar- als codezeilen, aber ich hab bei der toDo-section dazu geschrieben, was sie irgendwann mal so können sollten.

Formatierung

Grundsätzlich hab ich versucht ne einheitlich Formatierung einzuhalten. Die ist durchaus etwas sperrig, aber das wird sich wohl noch mit der Zeit normalisieren:
  1. Kurzbeschreibung, Author, Usage, Requires, Ensures, toDo...
  2. Input ist immer eine in.structure. Die Usage-Zeile kann in die Kommandozeile copy-pasted werden um eine passende structure zu bauen.
  3. Output ist immer eine Variable plus varargout: für eventuelle Erweiterungen

Beschreibung

In '/data/neurokog/scripts/mainFunctions/spm8batch/alpha_13_02_2009' liegt eine Sammlung von Funktionen, die zur Manipulation eines spm8 jobs dienen. pp_subj_4D_FS.mat ist ein prepro job für eine vp, im wesentlichen konvertiert vom script 'prepro_220109.m'. Er verwendet als Stütze noch die 'Fileselector'-jobs, was letztendlich kaum mehr ist als eine in einen Job verpackte Regexpression. Der Output des Fileselector Jobs wird per Dependency weitergereicht an den entspr. spm-job.

USAGE: über 'help sbg_FS_sub2jobs' gibts den Kommentar; 'sbg_FS_sub2jobs' ohne parameter gibt eine inputstructure zurück, die als referenz für die funktion selbst verwendet werden kann.

Funktionen

  1. sbg_FS_sub2jobs: nimmt ein subname-array wie aus den scripts bekannt und einen referenz-job (pp_subj_4D_FS.mat) und reproduziert diesen für jede Versuchsperson. gibt eine matrix der pfade zu den reproduzierten jobs zurück
  2. sbg_load.m, sbg_FS_struct.m, sbg_get_tags.m, sbg_save.m: Hilfsfunktionen, können auch eigenständig verwendet werden. Meist noch deutlich mehr Kommentar- als codezeilen, aber ich hab bei der toDo-section dazu geschrieben, was sie irgendwann mal so können sollten.

Formatierung

Grundsätzlich hab ich versucht ne einheitlich Formatierung einzuhalten. Die ist durchaus etwas sperrig, aber das wird sich wohl noch mit der Zeit normalisieren:
  1. Kurzbeschreibung, Author, Usage, Requires, Ensures, toDo...
  2. Input ist immer eine in.structure. Die Usage-Zeile kann in die Kommandozeile copy-pasted werden um eine passende structure zu bauen.
  3. Output ist immer eine Variable plus varargout: für eventuelle Erweiterungen

toDo

  1. Dartel, BET jobs einbauen
  2. Firstlevel
  3. Die Fileselector Jobs loswerden
  4. Die singlesubject jobs zu einem zusammenfassen
  5. Keys

Page last modified on Thursday 05 of March, 2009 16:03:51 CET